Ο Νίκος Αντωνάκης είναι διδάκτωρ του Πανεπιστημίου Αθηνών, Ειδικός Επιστήμονας του Υπουργείου Ανάπτυξης, Ειδικός Συνεργάτης του Τμήματος Πολιτικής Επιστήμης και Δημόσιας Διοίκησης του Πανεπιστημίου Αθηνών, Συνεργάτης του Ελληνικού Ιδρύματος Ευρωπαϊκής και Εξωτερικής Πολιτικής (ΕΛΙΑΜΕΠ) και του Κέντρου Οικονομικής της Άμυνας του Πανεπιστημίου York, μέλος της συντακτικής επιτροπής της επιθεώρησης "ΕΛΛΑΔΑ και ΕΟΚ", Αναπληρωτής Επιστημονικός Συντονιστής του 35τομου έργου "Το μέλλον της ελληνικής βιομηχανίας" του Υπουργείου Ανάπτυξης, Συντονιστής και Εταίρος προγραμμάτων της Ε.Ε. Το συγγραφικό του έργο αποτελείται από 5 βιβλία και 35 άρθρα σε ελληνικά και διεθνή επιστημονικά περιοδικά και συλλογικούς τόμους.